Quel est le meilleur logiciel de comptabilité en 2025 ?

Résumé de l'article

• En 2025, Swapn se distingue comme la solution la plus complète pour de nombreuses structures : comptabilité d'engagement, télétransmission et génération du FEC, avec une interface intuitive.
• Un bon logiciel automatise la synchronisation bancaire, la catégorisation des opérations et propose des écritures suggérées pour gagner du temps et réduire les erreurs.
• La conformité est essentielle : le logiciel doit générer le FEC, gérer la TVA et permettre la production ou l'export du bilan et de la liasse fiscale.
• Au-delà de la saisie, l'outil doit fournir des tableaux de bord clairs sur la trésorerie et la rentabilité pour faciliter le pilotage de l'entreprise.
• Le choix doit se faire selon votre statut juridique et votre organisation : auto-entrepreneur, SARL, SAS ou collaboration avec un expert-comptable nécessitent des fonctionnalités différentes.
• Avant de vous engager, testez la version d'essai, vérifiez l'ergonomie, la qualité du support et calculez le coût total de possession (abonnement + temps gagné + options).

La gestion comptable est une obligation légale et un pilier de la bonne santé d'une entreprise. Aujourd'hui, grâce aux logiciels en ligne, elle n'est plus réservée aux seuls experts-comptables. Néanmoins, il faut garder à l'esprit que le « meilleur » logiciel n'est pas le même pour tous - cela dépend de la taille de votre société, de sa forme juridique et de votre degré d'indépendance.

Comment s'y retrouver dans la jungle des offres ? Entre les solutions pour indépendants, les outils complets pour PME, les logiciels de pré-comptabilité et les plateformes tout-en-un, il est facile de se perdre. Ce guide vous aidera à identifier l'outil qui répondra vraiment à vos besoins sans être ni trop limité, ni trop complexe.

Qu'est-ce qu'un "bon" logiciel de comptabilité en ligne en 2025 ?

Un bon logiciel de comptabilité en 2025 va bien au-delà de la simple saisie d'écritures. Il doit automatiser les tâches répétitives, connecter vos différents outils et simplifier votre quotidien d'entrepreneur.

Les trois piliers d'un logiciel comptable performant sont :

• L'automatisation
  La synchronisation bancaire est désormais incontournable pour importer automatiquement vos transactions. La catégorisation intelligente permet ensuite de classer chaque opération sans intervention manuelle. Les logiciels modernes proposent même des suggestions d'écritures basées sur vos habitudes. L'objectif est simple : gagner du temps et réduire les erreurs.
  
  
• La conformité
  Votre logiciel doit être une garantie de tranquillité face à l'administration fiscale. Il doit impérativement générer un Fichier des Écritures Comptables (FEC) conforme aux exigences légales. La gestion automatisée de la TVA et la production du bilan et de la liasse fiscale sont également essentielles pour être en règle. Si ce dernier ne permet pas de générer votre bilan il doit tout de même permettre à votre expert-comptable de récuperer toutes vos lignes comptables sans action supplémentaires de votre part.
  
  
• Le pilotage
  Un logiciel moderne n'est pas qu'un outil de saisie, c'est un véritable tableau de bord. Il doit vous offrir une vision claire de votre trésorerie, analyser votre rentabilité et vous présenter les indicateurs clés de performance. Ces données vous permettront de prendre les bonnes décisions au bon moment pour développer votre activité.

Bon à savoir : Les logiciels de comptabilité actuels intègrent de plus en plus de fonctionnalités d'intelligence artificielle pour automatiser les tâches répétitives et suggérer des optimisations fiscales.

Les critères essentiels pour choisir votre meilleur logiciel de comptabilité d'entreprise

Pour trouver le logiciel qui vous correspond vraiment, commencez par cette évaluation personnelle :

• Votre statut juridique
  C'est le critère le plus déterminant. Un auto-entrepreneur n'a besoin que d'une comptabilité de trésorerie (recettes/dépenses), tandis qu'une SAS nécessite une comptabilité d'engagement beaucoup plus complète. Les obligations légales diffèrent considérablement selon votre forme juridique.
• Votre niveau d'autonomie
  • Autonomie totale : Vous souhaitez générer votre liasse fiscale et la télétransmettre vous-même. Dans ce cas, votre logiciel doit être parfaitement conforme aux normes comptables et fiscales en vigueur.
  • Collaboration avec un expert-comptable : Vous gérez la saisie quotidienne, mais votre expert supervise et valide les opérations importantes. Votre logiciel doit alors permettre un accès partagé et des exports compatibles avec les outils de votre comptable.
  • Pré-comptabilité : Vous préférez simplement préparer le travail (notes de frais, factures d'achat) pour votre expert-comptable. Un outil plus simple peut alors suffire, l'essentiel étant qu'il soit compatible avec le système de votre expert.
    
    
• Les fonctionnalités indispensables
  • Synchronisation bancaire pour importer automatiquement vos transactions
  • Gestion de la TVA (calcul, déclaration, télépaiement)
  • Production des documents annuels (bilan, compte de résultat, liasse fiscale)
  • Export du FEC en un clic pour être conforme en cas de contrôle fiscal
    
    
• Le budget
  N'évaluez pas un logiciel uniquement sur son prix mensuel. Un logiciel à 30€/mois qui fait gagner 10 heures de travail est bien plus rentable qu'un logiciel à 10€/mois qui demande une saisie manuelle fastidieuse. Calculez le coût total de possession en intégrant le temps passé et les éventuels modules complémentaires.
  
  
• L'ergonomie et le support
  Un logiciel, même puissant, est inutile s'il est incompréhensible. L'interface doit être claire et intuitive, même pour un non-spécialiste. Le support client est également crucial, surtout quand on parle de comptabilité. Vérifiez les horaires d'assistance, les canaux de contact et les délais de réponse annoncés.

Récapitulatif des critères déterminants pour choisir son logiciel de comptabilité d'entreprise 

Bon à savoir : La plupart des logiciels proposent des périodes d'essai gratuites. Profitez-en pour tester l'interface et vérifier que les fonctionnalités correspondent bien à vos besoins avant de vous engager.

Notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité et gestion comptable en 2025

Le comparatif en détail de chaque solution du marché

Swapn

Notre avis

Un logiciel accessible
, intuitif et pratique, adapté aux entreprises individuelles comme aux SAS.

Fonctionnalités clés :

• Comptabilité d'engagement complète
• Télétransmission de la TVA
• Inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables
• Synchronisation bancaire
• Connexion impots.gouv.fr
• Interface intuitive

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Swapn propose une offre sans engagement, ce qui permet de tester la solution sur la durée sans risque financier à long terme.

Pennylane

Pour qui ?

Entreprises avec plusieurs associés, salariés, besoin de pilotage financier et accompagnement expert.

Fonctionnalités clés :

• Gestion comptable complète
• Tableaux de bord avancés
• Collaboration avec expert-comptable
• Facturation, trésorerie, relances clients
• Télétransmission
• API & intégrations CRM

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Pennylane est particulièrement apprécié pour sa capacité à centraliser toutes les données financières de l'entreprise et à faciliter la collaboration avec les experts-comptables.

Indy

Notre avis

Un logiciel pratique qui saura répondre aux besoins de nombreux profils.

Fonctionnalités clés :

• Synchronisation bancaire
• Catégorisation automatique
• Génération de la liasse fiscale
• Module de facturation inclus
• Télétransmission TVA
• Compte pro inclus (optionnel)

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Indy propose une formule gratuite qui permet déjà de gérer sa facturation et d'obtenir un compte bancaire professionnel, ce qui est rare sur le marché.

Sage 50 - Module comptable

Pour qui ?

SAS ou SARL structurées avec gestion RH, stocks ou multi-établissements.

Fonctionnalités clés :

• Gestion comptable complète
• Multi-dossiers
• Bilan, TVA, immobilisations
• Gestion RH, paie (module séparé)

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Sage 50 est l'une des solutions les plus anciennes et éprouvées du marché, particulièrement adaptée aux entreprises ayant des besoins comptables complexes.

Macompta.fr

Notre avis

Un logiciel adapté aux professionnels disposant déjà de certaines connaissances en comptabilité.

Fonctionnalités clés :

• Plan comptable personnalisé
• Facturation & TVA
• Liasse fiscale disponible en option
• Tableaux de bord de trésorerie
• Exports vers expert-comptable

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Macompta.fr propose l'une des solutions les plus accessibles financièrement du marché, idéale pour les entrepreneurs qui débutent avec un budget limité.

EBP

Pour qui ?

SAS, EURL, SASU ou EI utilisant un expert-comptable et cherchant un logiciel collaboratif.

Fonctionnalités clés :

• Comptabilité complète
• TVA, bilan, FEC
• Accès expert-comptable
• Interface Web

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : EBP est particulièrement reconnu pour sa compatibilité avec les cabinets d'expertise comptable traditionnels.

Evoliz

Notre avis

Un logiciel au bon rapport qualité-prix dans sa version de base, mais dont les fonctionnalités en option peuvent impacter le coût final.

Fonctionnalités clés :

• Facturation, relance, devis
• Synchronisation bancaire
• Suivi de TVA
• Tableaux de bord
• Application mobile

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Evoliz dispose d'une double certification (NF 203 et NF 525) qui garantit sa conformité avec les exigences légales en matière de facturation électronique.

Easyteo

Notre avis

Un logiciel de comptabilité accessible et idéal pour les structures avec plusieurs sites.

Fonctionnalités clés :

• Multi-entités
• TVA automatisée
• OCR intégré
• Dépôt de pièces centralisé

Avantages et inconvénients

Bon à savoir : Easyteo est particulièrement adapté aux entreprises gérant plusieurs établissements ou filiales grâce à sa gestion multi-entités.

Quels sont les meilleurs logiciels pour une entreprise individuelle, une SARL ou une SAS ?

Selon votre statut juridique, certains logiciels seront plus adaptés que d'autres :

• Pour les auto-entrepreneurs et micro-entreprises : Indy, Abby ou la formule de base de Swapn offrent un excellent rapport qualité-prix.
• Pour les SARL de petite taille : Swapn, Pennylane ou Evoliz proposent un bon équilibre entre fonctionnalités et simplicité.
• Pour les SAS en croissance : Swapn, Pennylane, Sage 50 ou EBP offrent les fonctionnalités avancées nécessaires à votre développement.

Pour approfondir notre choix nous vous conseillons de consulter notre guide dédié au choix de son statut juridique.  

Vos questions sur les meilleurs logiciels de comptabilité professionnels pour TPE et PME

Un logiciel de comptabilité peut-il remplacer mon expert-comptable ?

La réponse est nuancée. Pour la production des comptes de nombreuses TPE, un logiciel moderne peut effectivement suffire, surtout si vous avez quelques notions comptables. Les automatisations et guidages intégrés permettent à un entrepreneur de gérer sa comptabilité sans formation spécifique.

Cependant, un expert-comptable apporte bien plus que la simple production de comptes : conseil stratégique, optimisation fiscale, accompagnement social, anticipation des difficultés... Ces aspects ne sont pas couverts par un logiciel, aussi performant soit-il.

La tendance actuelle est plutôt à la complémentarité : vous gérez votre comptabilité au quotidien avec un logiciel, et votre expert-comptable se concentre sur le conseil à plus forte valeur ajoutée.

Existe-t-il de bons logiciels de comptabilité gratuits ?

Soyons clairs : les solutions 100% gratuites sont généralement très limitées et ne couvrent que rarement l'ensemble des obligations légales. Elles ne proposent généralement pas la génération de la liasse fiscale ni la télétransmission.

Certains éditeurs proposent des versions gratuites avec des fonctionnalités basiques (comme Indy), mais pour une gestion comptable complète, il faudra passer à une version payante. Mieux vaut investir dans un logiciel payant et conforme, même d'entrée de gamme, que de risquer des problèmes avec l'administration fiscale.

Comment changer de logiciel de comptabilité ? La reprise de données est-elle possible ?

Changer de logiciel comptable peut sembler intimidant, mais c'est un processus désormais bien rodé. La clé est le Fichier des Écritures Comptables (FEC) de l'année précédente, qui permet de reprendre l'historique comptable.

La plupart des logiciels modernes proposent des assistants de migration qui vous guideront pas à pas. Le support du nouveau logiciel vous accompagnera également dans cette transition. Prévoyez tout de même cette migration en dehors des périodes fiscales chargées (clôture annuelle, déclaration de TVA).